| Nome | Tipo | Popolazione 2021 | Fonte |
|---|---|---|---|
| Favignana | frazione | 2.459 | istat bt2021 |
| Marettimo | frazione | 741 | istat bt2021 |
| Levanzo | frazione | 184 | osm |
| Quattro Vanelle | frazione | 85 | osm |
| Pozzo Ponente | frazione | 19 | osm |
| Balate | frazione | 13 | istat bt2021 |
| Corso | frazione | 10 | osm |
| Cala Grande | frazione | 0 | istat bt2021 |
| Punta Fanfalo | frazione | 0 | istat bt2021 |
| Case Canini | frazione |
| Case Gandolfo | frazione |